Οι αρμοδιότητες της Επιτροπής Ερευνών εστιάζονται στη διαχείριση ερευνητικών προγραμμάτων και στη διαμόρφωση της ερευνητικής πολιτικής του Πανεπιστημίου Αιγαίου. Στα πλαίσια αυτά, ο Ειδικός Λογαριασμός Έρευνας ενημερώνει το διδακτικό και ερευνητικό προσωπικό του Πανεπιστημίου για ενδεχόμενες πηγές χρηματοδότησης, ενθαρρύνει την υποβολή προτάσεων για συγκεκριμένα προγράμματα έρευνας, κατευθύνει και καθοδηγεί το προσωπικό του Πανεπιστημίου όσον αφορά τις διαδικασίες χρηματοδότησης και την ανέυρεση ερευνητικών πόρων. Σκοπός του ΕΛΕ, είναι η διάθεση και διαχείριση κονδυλίων που προέρχονται από οποιαδήποτε πηγή και προορίζονται για την κάλυψη δαπανών οποιουδήποτε είδους, οι οποίες είναι απαραίτητες για τις ανάγκες ερευνητικών, εκπαιδευτικών, επιμορφωτικών, αναπτυξιακών καθώς και έργων συνεχιζόμενης κατάρτισης και έργων για την παροχή επιστημονικών, τεχνολογικών και καλλιτεχνικών υπηρεσιών, την εκπόνηση ειδικών μελετών, την εκτέλεση δοκιμών, μετρήσεων εργαστηριακών εξετάσεων και αναλύσεων, την παροχή γνωμοδοτήσεων, τη σύνταξη προδιαγραφών για λογαριασμό τρίτων, ως και άλλων σχετικών υπηρεσιών ή δραστηριοτήτων που συμβάλλουν στη σύνδεση της εκπαίδευσης και της έρευνας με την παραγωγή και εκτελούνται ή παρέχονται από τα μέλη του εν ενεργεία επιστημονικού προσωπικού του Πανεπιστημίου Αιγαίου (ΔΕΠ, ΕΔΠ, ΕΕΠ) ή και με τη συνεργασία άλλων ειδικών επιστημόνων του Δημόσιου ή Ιδιωτικού Δικαίου.